自动进样器可以在无人照看的情况下进行连续自动进样工作，对于进样样品的基本要求是无微粒和其他能阻塞针头、连接管路和进样阀的物质。在进行样品制备的时候，要在光线下检查样品有无颗粒、浑浊或乳化的现象，必要时用0.5um的过滤器过滤。
　　样品介质效应和贮存条件不佳，也会导致实验结果的准确度差。如盐水稀释过的血浆样品在小瓶中冷冻后融化进样，振摇小瓶后手动进样度好，不经振摇自动进样，峰高逐渐降低。这是因为小瓶冷冻时从顶向下冷冻，因盐析作用使样品中的被分析物沉于瓶底，融化后次进样浓度高，以后瓶中的分析物慢慢扩散，瓶底浓度越来越稀，峰高也越来越低。
　　为了减少色谱峰加宽效应，样品达到柱之前后稀释液的强度应小于流动相强度的一半。水溶性混合样品可直接进样，如果样品是从有机溶剂中萃取出来的，则需要进行稀释。用弱溶剂可使样品在柱头浓缩，不会因柱前连接管路使色谱峰变差。
　　使用自动进样器，大大减轻了色谱使用者的劳动强度，增加了分析的通量和进样的性。使用自动进样器，也要注意一些问题和进行一定的日常维护。下面就来讲讲使用自动进样器的一些注意事项。
　　1、样品瓶的使用。样品瓶盖要盖紧，如太松，进样针穿不透样品瓶的瓶垫而把其插入瓶内，导致取样失败；样品瓶不要装得过满，一般来说瓶内液面应保持在瓶内三分之二高度以下；选用规格标准的样品瓶，避免取样出错或失败，甚至损伤进样针。
　　2、针和针座的维护。进样针容易被样品瓶的瓶垫碎屑堵塞，取不到样、采集的图谱没有样品峰，所以要注意选用质量可靠的瓶垫；样品没有过滤或样品溶剂选择不适，会导致堵塞，发生堵塞后，进入人工操作界面进行人工操作，取下针和针座进行冲洗，排除堵塞。
　　3、传动部件的维护。自动进样器传动部件中的金属杆和传输杆上灰尘积累，会导致运动阻力过大，自动进样器停止工作。出现这种情况时，进入人工操作界面，设置自动进样器便于操作的位置，用棉签蘸酒精或异丙醇反复擦拭金属杆和传输杆，直至表面光洁。