离子色谱的进样系统主要分为3种类型：即气动、手动和自动进样方式。

手动进样采用六通阀，其工作原理与HPLC相同，但其进样量比HPLC要大，一般为50μL。其定量管接在阀外，一般用于进样体积较大时的情况。样品首先以低压状态充满定量管，当阀沿顺时针方向旋至另一位置时，即将贮存于定量管中固定体积的样品送入分离系统。

气动阀采用一定氦气或氮气气压作动力，通过两路四通加载定量管后，进行取样和进样，它有效地减少了手动进样因动作不同所带来的误差。

自动进样器是在色谱工作站控制下，自动进行取样、进样、清洗等一系列操作，操作者只须将样品按顺序装入贮样机中。

圆盘式自动进样的工作步骤如下：
(1)电机带动贮样盘旋转，待分析样品置于取样针正下方。
(2)电机正转，丝杆带动滑块向下移，把取样针插入样品塑料盖，滑块继续下移，将瓶盖推入瓶内，在瓶盖挤压下样品经管道流入进样阀定量管，完成取样动作。
(3)进样阀切换，完成进样。
(4)电机反转，丝杆带动滑块上移，取样针恢复原位。
自动进样可以达到很宽的样品进样量范围的目的。